Le siège social du club est situé sur le complexe sportif de Saint-Claude, 3 chemin des torcols, 25000 Besançon.
Les diverses équipes du Besançon Football sont réparties sur 4 pôles sportifs :
- Stade Léo-Lagrange : 15 Avenue Léo Lagrange, 25000 Besançon
- Complexe Sportif de Saint-Claude : Chemin des Torcols, 25000 Besançon
- Complexe sportif de Montrapon : 7 Rue de la Grange du Collège, 25000 Besançon
- Stade des Orchamps : 36 Rue Frédéric Chopin, 25000 Besançon
Pour la saison 2017-2018, l'équipe fanion évolue au stade Léo-Lagrange situé 13 avenue Léo Lagrange, 25000 Besançon.
Sa capacité totale est actuellement de 10 333 places, mais généralement seule la tribune honneur (environ 1700 places) est ouverte pour les matches de championnat
